高滲透性的氟離子可滲入組織深部，產(chǎn)生液化性壞死，骨骼脫鈣，及嚴重的深部組織疼痛。它會于體內(nèi)鈣、鎂等陽離子結(jié)合，產(chǎn)生不可溶的氟化鈣或氟化鎂等鹽類，而導致低血鈣及低血鎂。此外，氟離子也會于含有金屬原子的酵素結(jié)合，抑制酵素的活性。
    至于氫氟酸中毒所產(chǎn)生的嚴重深部組織疼痛，目前認為主要是由于氟離子造成鉀離子向細胞外移動，而造成神經(jīng)末梢收到刺激，以及氟離子與鈣、鎂離子結(jié)合成不可溶氟化鈣、氟化鎂，造成細胞壞死所致，且會永久留存于人體內(nèi)，造成永久性傷害（毒性會累積）

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